Το Σύνταγμα κατοχυρώνει ταυτόχρονα τη διοικητική αυτοτέλεια των Ο.Τ.Α και την άσκηση εποπτείας επί αυτών (άρθρο 102 παρ 2&4 Σ). Αρμόδιο όργανο για την εποπτεία επί των πράξεων των Ο.Τ.Α είναι ο Γενικός Γραμματέας της Περιφέρειας και ο έλεγχος περιορίζεται μόνο σε ζητήματα νομιμότητας. Διακρίνεται σε έλεγχο κατόπιν προσφυγής και σε αυτεπάγγελτο έλεγχο.

(α) Η πρώτη μορφή ελέγχου συνεπάγεται την υποχρέωση των συλλογικών οργάνων των Ο.Τ.Α Α΄ βαθμού να αποστέλλουν στον Γενικό Γραμματέα ορισμένες κατηγορίες πράξεων, εντός δέκα (10) ημερών από την ημέρα συνεδρίασης του αρμοδίου για την έκδοση τους οργάνου, για έλεγχο νομιμότητας. Ο Γενικός Γραμματέας μπορεί επιπλέον να ακυρώσει αυτεπάγγελτα οποιαδήποτε απόφαση συλλογικών ή μονομελών οργάνων των Ο.Τ.Α Α΄ βαθμού και των νομικών τους προσώπων δημοσίου δικαίου εντός προθεσμίας ενός μήνα από τη δημοσίευση ή έκδοση της απόφασης.

(β) Ο έλεγχος μετά από προσφυγή περιλαμβάνει τη δυνατότητα οποιουδήποτε έχει έννομο συμφέρον να προσφύγει στο Γενικό Γραμματέα εντός 10 ημερών για να προσβάλει αποφάσεις συλλογικών ή μονομελών οργάνων των Ο.Τ.Α Α΄ βαθμού και των νομικών τους προσώπων δημοσίου δικαίου για λόγους νομιμότητας. Οι αποφάσεις του Γενικού Γραμματέα που εκδίδονται σύμφωνα με τις ανωτέρω διατάξεις προσβάλλονται ενώπιον τριμελούς επιτροπής που συγκροτείται στην έδρα κάθε περιφέρειας.

Τα προβλήματα που έχει εντοπίσει ο Σ.τ.Π στην άσκηση της εποπτείας επί των Ο.Τ.Α Α΄ βαθμού δεν αφορούν τόσο την ποιότητα του νομικού πλαισίου, όσο την εφαρμογή του από τα αρμόδια όργανα. Πιο συγκεκριμένα, ο Σ.τ.Π ασχολήθηκε με υποθέσεις στις οποίες το κύριο πρόβλημα ήταν η αδυναμία ή απροθυμία της Περιφέρειας να προβεί σε έλεγχο νομιμότητας ή να επιβάλει τις αποφάσεις της, και αφιέρωσε στην όλη προβληματική μια ειδική θεματική κατηγορία της Ετήσιας Έκθεσης του 2004. (παρ. 2.1)

Στις περιπτώσεις αυτές το υφιστάμενο νομικό πλαίσιο δεν πάσχει, ωστόσο η προστασία των δικαιωμάτων των πολιτών δεν καθίσταται αποτελεσματική. Τα προβλήματα αυτά αφορούν και τις δύο κατηγορίες ελέγχων. Ο ΣτΠ υπέβαλε μια σειρά προτάσεων στον Υπουργό Εσωτερικών Δημόσιας Διοίκησης και Αποκέντρωσης με στόχο τη αποτελεσματικότερη εποπτεία με αφορμή τη θέσπιση του νέου Κώδικα Δήμων και Κοινοτήτων.

Με τον νέο Δημοτικό και Κοινοτικό Κώδικα (ν. 3463/2006, ΦΕΚ 114 Α΄, άρθρα 148- 154) προβλέπονται κυρώσεις πειθαρχικού χαρακτήρα για τη μη τήρηση των υποχρεώσεων των οργάνων των Ο.Τ.Α Α΄ βαθμού που απορρέουν από τις προηγούμενες διατάξεις, και έτσι καλύπτεται ένα σημαντικό κενό. Ωστόσο, μόνο η αποτελεσματική εφαρμογή του μπορεί να μειώσει τα προβλήματα που έχουν ανακύψει, εφαρμογή που βρίσκεται στην αποκλειστική ευθύνη των αρμοδίων οργάνων.