Ο Συνήγορος του Πολίτη έχει διερευνήσει καταγγελίες και για τις συνθήκες υποδοχής, κράτησης και φιλοξενίας των ασυνόδευτων ανηλίκων αιτούντων άσυλο. Η εξαιρετικά περιορισμένη έως μηδενική χορήγηση ασύλου σε συνδυασμό με το ανέφικτο της απέλασης της μεγάλης πλειονότητας των ασυνόδευτων ανηλίκων που εισέρχονται παράνομα στη χώρα και η έλλειψη προνοιακής μεταχείρισης για αυτούς, έχει ως αποτέλεσμα ο πληθυσμός αυτός να στερείται θεμελιωδών δικαιωμάτων. Η Αρχή πραγματοποιεί επισκέψεις και αυτοψίες σε χώρους υποδοχής και κράτησης σε πολλές περιοχές της χώρας, συνεργάζεται με φορείς και μη κυβερνητικές οργανώσεις που προασπίζονται τα δικαιώματα των ανηλίκων προσφύγων και έχει απευθύνει συστάσεις για τη βελτίωση των πρακτικών μεταχείρισης των ασυνόδευτων ανηλίκων.